Σφοδρές αντιδράσεις κατά της κυβέρνησης έχει προκαλέσει στην Εκκλησία της Κρήτης τροπολογία του υπουργείου Παιδείας που κατατέθηκε άρον-άρον στη Βουλή και, σύμφωνα με τους ιεράρχες του νησιού, αποτελεί πρωτοφανή πολιτική παρέμβαση στα εσωτερικά της Εκκλησίας.
Η συγκεκριμένη τροπολογία προβλέπει ερμηνευτική διάταξη που, σύμφωνα με ιεράρχες, “φωτογραφίζει” την επικείμενη εκλογή του νέου Μητροπολίτη Κυδωνίας και Αποκορώνου (μετά την εκδημία του Μητροπολίτη Δαμασκηνού), επιχειρώντας να μπλοκάρει τον επικρατέστερο υποψήφιο: τον Μητροπολίτη Κισσάμου και Σελήνου Αμφιλόχιο, ο οποίος επιθυμεί να μετακινηθεί στη Μητρόπολη Κυδωνίας και Αποκορώνου και φέρεται να υποστηρίζεται από μεγάλο αριθμό κληρικών.
Διόλου τυχαία, ο Αμφιλόχιος είναι ο Μητροπολίτης που τον περασμένο Οκτώβριο, όταν ο Γερμανός πρόεδρος Φρανκ-Βάλτερ Στάινμαγερ επισκέφθηκε τη μαρτυρική Κάντανο, του είχε θέσει ανοιχτά το θέμα των γερμανικών αποζημιώσεων, προκαλώντας αμηχανία στον ίδιο, αλλά και στην κυβέρνηση. Οπότε δεν είναι και… έκπληξη το γεγονός ότι κάποιοι στην κυβέρνηση δεν τον συμπαθούν ιδιαίτερα.
Ωστόσο, αυτό που καταγγέλλεται είναι ότι με τον τρόπο της η κυβέρνηση προσπαθεί να παρέμβει στο αυτοδιοίκητο της Εκκλησίας της Κρήτης. Όπως αναφέρει σε ανακοίνωσή της η Ιερά Επαρχιακή Σύνοδος της Εκλησίας Κρήτης: “Ἡ φερόμενη “ἑρμηνευτική διάταξη” εἶναι φανερά παράνομη καί ἀποκρούεται ἀπό τήν κρατοῦσα ἄποψη τῶν θεωρητικῶν τοῦ δικαίου. Μέ τήν ἀσυνήθιστη αὐτή ἑρμηνευτική διάταξη εἰσάγεται οὐσιαστικά ἀλλοίωση τοῦ ὑφισταμένου νομικοῦ καθεστῶτος τῆς Ἐκκλησίας τῆς Κρήτης καί δημιουργεῖται ἀπαράδεκτο καί ἐπικίνδυνο προηγούμενο, ὅπου ἡ Πολιτεία διά ἑρμηνευτικῶν διατάξεων θά δύναται νά τροποποιεῖ μονομερῶς τόν Καταστατικό Χάρτη”.
Από την πλευρά της, η κυβέρνηση υπεραμύνεται της τροπολογίας, υποστηρίζοντας πως δεν υπάρχει καμία διάθεση ή πρόθεση παρέμβασης στα εσωτερικά της Εκκλησίας και πρόκειται για μία ερμηνευτική διάταξη που ζητήθηκε από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.
Οι εξηγήσεις αυτές βέβαια δεν πείθουν ούτε τους ιεράρχες, αλλά ούτε και τα κόμματα της αντιπολίτευσης, που επίσης αντιδρούν: η Ζωή Κωνσταντοπούλου έκανε λόγο για “ωμή παρέμβαση” στον καταστατικό χάρτη της Εκκλησίας, ενώ την απόσυρση της τροπολογίας και την επανακατάθεσή της αφού προηγηθεί διαβούλευση και κανονική κοινοβουλευτική διαδικασία έχουν ζητήσει οι κοινοβουλευτικοί εκπρόσωποι του ΠΑΣΟΚ, Δημήτρης Μάντζος, του ΣΥΡΙΖΑ, Νίκος Παππάς, και της Ελληνικής Λύσης, Στυλιανός Φωτόπουλος.